Siniketun taloudellisesti tärkeiden ominaisuuksien geenikartoitus
Abstract
Siniketulle laadittiin geneettinen kytkentäkartta käyttäen mikrosatelliittimerkkejä. Yhteensä 130 koiran mikrosatelliittimerkin toimivuus ja muuntelun määrä testattiin siniketulla. Näistä merkeistä 102 voitiin genotyypittää kartoituspopulaatiossa. Kartoituspopulaatio koostui kolmen sukupolven aineistosta. Lähtöpopulaatiossa neljä urosta paritettiin 16 naaraan kanssa. Näiden jälkeläisistä (F1) paritettiin 10 urosta 33 naaraan kanssa kahtena peräkkäisenä vuotena. F2 -sukupolvessa oli 392 jälkeläistä. Yhteensä kartoituspopulaatiossa oli yksilöitä 455. Laaditussa kytkentäkartassa on 87 merkkiä 17 kytkentäryhmässä ja kartan kokonaispituus on 1658 senttiMorgania (cM). Kytkentäkartat laskettiin kummallekin sukupuolelle erikseen sekä keskiarvokarttana. Yksittäisten kytkentäryhmien pituudet sukupuolten keskiarvokartassa vaihtelivat 4,9 – 322,2 cM välillä.
Taloudellisesti tärkeistä ominaisuuksista tutkittiin eläimen kokoa ja turkin laatuominaisuuksia. Eläimen koko mitattiin yksilön painona ja takajalan pituutena. Turkin laatuominaisuuksia olivat turkin massakkuus, värisävyn puhtaus ja turkin peittävyys. Näiden ominaisuuksien ja kytkentäkartan välistä yhteyttä tutkittiin etsimällä kvantitatiivisen ominaisuuden lokuksia (QTL:iä). Koska kykentäkartassa merkkien välisten etäisyyksien keskiarvo on 18,6 cM, niin löydetyt QTL:t vastaavat melko laajoja kromosomialueita. Tutkimuksessa löydettiin eläimen kokoon vaikuttava kromosomialue kytkentäryhmästä S5. Kokoon vaikuttava kromosomialue löytyi sekä eläimen painolle että takajalan pituudelle samasta kromosomin kohdasta mikrosatelliittimerkkien FH2364 ja D-INRA2 välistä. Kokoon vaikuttavan QTL:n alleeleilla esiintyy sekä additiivinen vaikutus että dominanssivaikutus. Additiivisen vaikutuksen suuruus on painolle 657 g ja takajalan pituudelle 0,45 cm ja vastaavasti dominanssivaikutukset -530 g ja -0,29 cm.Turkin massakkuuteen vaikuttavia kromosomialueita löytyi kahdesta kytkentäryhmästä S3 ja S11. Kytkentäryhmässä S3 additiivinen vaikutus on 0,20 pistettä, ja dominanssivaikutus 0,45 pistettä. Kytkentäryhmän S11 QTL:n alleelilla on vain additiivinen vaikutus massakkuuteen, ja sen suuruus on -0,34 pistettä. Värisävyn puhtauteen ja turkin peittävyyteen vaikuttavat kromosomialueet löytyivät kytkentäryhmistä S10 ja S4. Värisävyn puhtauteen vaikuttavan QTL:n alleelien additiivinen vaikutus ja dominanssivaikutus ovat 0,12 ja 0,16 pistettä. Turkin peittävyyden QTL:n vaikutus on pelkästään additiivinen ja sen suuruus on 0,22 pistettä.
Tehty tutkimus luo yleisesti pohjaa siniketun taloudellisesti tärkeiden ominaisuuksien taustalla olevien geneettisten tekijöiden kartoittamiselle ja ymmärtämiselle. Tässä tutkimuksessa tehty kytkentäkartta toimii perustana kaikille siniketulla tehtäville QTL -kartoitustutkimuksille, joissa voidaan analysoida muitakin kuin kokoon ja turkinlaatuun liittyviä ominaisuuksia. Jatkotutkimuksissa voidaan hyödyntää koiran genomin yksityiskohtaista informaatiota, jota on saatavilla julkisissa tietokannoissa (esimerkiksi NCBI:n ja ENSEMBL:n DNA -sekvenssitietokannoissa). Käyttämällä apuna koiran ja siniketun genomien vertailevaa tutkimusta sekä tämän tutkimuksen tuloksia olisi jatkotutkimuksissa todennäköisesti mahdollista löytää uusia siniketun kokoon ja turkinlaatuun vaikuttavia geneettisiä tekijöitä. Lisäksi tässä tutkimuksessa muodostettujen kytkentäryhmien perusteella voidaan päätellä siniketun ja koiran kromosomien evoluutiossa tapahtuneita muutoksia.
