Genomisessa eläinmallissa käytetään sekä genotyypitettyjen että genotyypittämättömien eläinten tietoja

  • Minna Koivula
  • Ismo Strandén
  • Esa Mäntysaari Luonnonvarakeskus Luke, FI-31600 Jokioinen
Avainsanat: genominen valinta, genomiset arvostelut, genominen eläinmalli

Abstrakti

Genotyypitettyjen eläinten lukumäärä on noussut nopeasti ja yhä enemmän genotyypitetään myös lehmiä. Tämä luo genomisille arvosteluille laskennallisia haasteita. Lähitulevaisuudessa on siirryttävä genomisen eläinmallin (ssGBLUP) käyttöön, jotta arvostelujen harhattomuus voidaan taata. Yksi kysymys genomiarvostelujen laskennassa on nuorten ja karsittujen eläinten genotyyppien käyttö. Tavallisessa eläinmalli BLUP:ssa eläin, jolla ei ole omaa havaintoa tai jälkeläisiä ei tuo arvosteluun informaatiota ja voidaan siten jättää pois arvostelusta. Teoriassa genotyypitetty nuori kandidaattieläin tai karsittu eläin voi tuoda informaatiota genomiseen eläinmalliin ja vaikuttaa näin muiden eläinten genomisiin jalostusarvoihin (GEBV). Tätä testattiin käyttämällä koelypsyaineistoa ja genomista koelypsymallia. Tässä jalostusarvot lasketaan samanlaisella eläinmalli BLUP menettelyllä kuin aikaisemminkin, mutta nyt genotyypitettyjen eläinten sukulaisuudet perustuvat genotyyppitietoihin ja muiden eläinten sukulaisuudet sukupuutietoihin ja genotyypitettyjen sukulaisten genomisiin sukulaisuuksiin. Arvostelussa käytetään suoraan alkuperäisiä havaintoja ja ne laskettiin MiX99-ohjelmalla. Arvosteluissa käytettiin eri määrä genomi-informaatiota joko jättämällä pois karsittujen sonnipoikien genotyypit tai ottamalla ne mukaan. Tulokset osoittivat, että karsittujen genotyypitettyjen sonnipoikien poisjättäminen ei aiheuttanut muutoksia referenssieläinten arvosteluihin. Sen sijaan niiden mukaan ottaminen saattaa vaikuttaa nuorien kandidaattisonnien arvosteluihin siten, että kandidaattisonnit saavat liian korkeat GEBV:t. Näyttäisi siis olevan turvallisempaa jättää karsitut eläimet pois genomisista arvosteluista

Lataukset

Lataustietoja ei ole vielä saatavilla.
Osasto
Artikkelit
Julkaistu
tammi 31, 2016