Lypsylehmien maidon juoksettumattomuutta aiheuttavien geenien paikantaminen valituissa kromosomeissa
Avainsanat:
maidon juoksettumattomuus, QTL-kartoitus, lypsykarjaAbstrakti
Suomen ayrshirelehmistä 10 % tuottaa maitoa, joka ei juoksetu lainkaan standarditestillä mitattuna. Tällainen maito ei saostu lainkaan juoksetteen lisäyksen jälkeen ja on siten huonoa raaka-ainetta juustomeijereille. Meijeriteknologiset keinot juoksettumattomien maitojen juoksettumiskyvyn palauttamiseksi ovat rajalliset. Myöskään lypsylehmien ruokinnalla ja hoidolla ei pystytä vaikuttamaan maidon juoksettumattomuuteen. Helsingin yliopiston kotieläintieteen laitoksella aiemmin tehtyjen tutkimusten mukaan juoksettumattomuus johtuukin pitkälti geneettisistä tekijöistä. Tämän tutkimushankkeen päätavoitteena oli maidon juoksettumattomuuteen vaikuttavien geenien kartoittaminen. Maidon juoksettumattomuutta (non-coagulating, NC) aiheuttavia kromosomialueita paikannettiin sekä hienokartoitettiin ayrshirellä. Kartoituksessa käytettiin mikrosatelliittimerkkejä. Merkkien kokonaislukumäärä karkeakartoitusvaiheessa oli 194. Merkkien keskimääräinen tiheys oli noin 15 cM ja suurimmat etäisyydet olivat noin 30 - 40 cM. Kromosomit valittiin yksittäisgenotyyppaukseen ja kytkentäanalyyseihin karkeakartoituksen tulosten perusteella. Se tehtiin yhdistämällä eri yksilöiden DNA-näytteitä DNA-seoksiksi. Yli aineiston muodostettiin kaksi DNA-seosta: juoksettumatonta maitoa tuottavien eläinten DNA-seos (NC-pooli) ja erittäin hyvin juoksettuvaa maitoa tuottavien eläinten DNA-seos (E-pooli). Jatkoon valikoitui 16 DNA-merkkiä 11 kromosomista (kromosomit 2, 4, 5, 13, 15, 16, 18, 19, 21, 24 ja 27). Yksittäisgenotyyppaukseen valittiin 40 DNA-merkkiä, siten että kromosomialuetta kohti oli kolme merkkiä. Merkkien keskinäinen etäisyys oli 2 -18 cM. Mukana genotyyppauksessa oli 18 perhettä ja aineistokoko oli vajaa 500 lehmää. Aineistosta löytyi useita sekä juoksettumiskyvyn ns. kvantitatiivisen ominaisuuden lokuksia (QTL:iä) että juoksettumattomuuteen vaikuttavia lokuksia. Suurimman uskottavuuden -menetelmällä löytyi vähemmän QTL:liä kuin parametrittomalla menetelmällä. Yli perheiden analysoituna kromosomin 18 tulos saavutti tutkimuskohtaisen 0,1 %:n merkitsevyystason. Kromosomissa 2 yksikään perhe ei saavuttanut parametrittomalla menetelmällä tutkimuskohtaista 10 %:n merkitsevyystasoa, vaikka useilla perheillä oli selvä maksimi samoissa kohdissa. Sen sijaan yli perheiden tulos saavutti tutkimuskohtaisen 0,1 %:n merkitsevyystason.
