Tuotantoeläinten normaalin suolistomikrobiston kartoitus luo suolistoterveystutkimukselle perustaa
Abstrakti
Ruoansulatuskanavan mikrobiston koostumus vaikuttaa keskeisellä tavalla eläinten terveyteen ja kasvatustuloksiin. Esimerkiksi ripulitilanteissa suoliston bakteerit vaikuttavat eläinten hyvinvointiin välittömästi, mutta lisäksi suolistomikrobeilla on pitkäkestoisia eläimen immuunivastetta ja ravitsemustilaa muuntavia vaikutuksia. Suolistomikrobiston poikkeuksellisen monimutkaisuuden vuoksi mikrobisto ja sen koostumus ovat kuitenkin vielä nykyäänkin heikosti tunnettuja. Ruoansulatuskanavan bakteeristo muodostuu poikkeuksellisen monista lajeista ja bakteeritiheys on ainutlaatuisen korkea. Perinteiset patogeenisten bakteerien tunnistamiseen kehitetyt tutkimusmenetelmät eivät ole mahdollistaneet mikrobiston kokonaisvaltaista kartoitusta. Viime vuosina kehitettyjen modernien tutkimustekniikoiden ansiosta mikrobiston tutkimusmahdollisuudet ovat kuitenkin parantuneet. Suolistomikrobiston koostumuksen kartoittaminen ja mikrobiston muutosten tutkiminen eri tilanteissa luo perustaa tulevaisuuden suolistomikrobistotutkimukselle. Nyt esiteltävässä tutkimuksessa suolistonäytteiden bakteerikoostumusta kartoitettiin koneellista sytometriaan, DNA-värjäykseen ja oligonukleotidihybridisaatioon perustuvaa menetelmää käyttäen. Tutkimusnäytteitä kerättiin porsaista, sioista, kalkkunoista, broilereista ja kanoista. Tutkimuseläimet olivat useista eri kasvatuseristä ja ne kuvastavat kunkin eläinlajin suolistomikrobistoa yleisellä tasolla. Näytteistä määritettiin kokonaisbakteerimäärät sekä keskeisimpien bakteerisukujen edustajien määrät. Erot saman eläinlajin eri yksilöiden välillä olivat huomattavasti pienempiä kuin erot eri eläinlajien välillä. Kahdesta eri porsastutkimuksesta kerättyjen ulostenäytteiden kokonaisbakteerimäärät ja eri bakteerisukujen osuudet olivat pitkälti samanlaiset. Tutkittujen cecum- ja ulostenäytteiden bakteeritiheys oli luokkaa 1011 bakteeria grammassa ja eläinlajista riippuen Bacteroides-Porphyromonas-Prevotella -ryhmän, Faecalibacterium prausnitzii -ryhmän ja Bifidobacterium-suvun bakteerit olivat nyt tutkituista bakteereista yleisimpiä. Saadut tulokset vahvistavat käsitystä siitä, että kullakin eläinlajilla on sille ominainen mikrobisto, joka koostuu ko. eläinlajille tyypillisistä mikrobeista. Ruoansulatuskanavan mikrobit muodostavat monimutkaisen ekosysteemin, joka kuitenkin on stabiilien elinolosuhteiden vallitessa sisäisessä tasapainotilassa. Saatuja tuloksia voidaan käyttää vertailumateriaalina tulevissa suolistomikrobistotutkimuksissa ja tuloksista on hyötyä kehitettäessä suolistoterveyttä tukevaa ruokintaa.
