SNP-BLUP, G-BLUP ja H-BLUP - johdanto genomisiin arvosteluihin
Keywords:
genominen valinta, SNP, genomiset arvostelut, G-matriisiAbstract
Genominen valinta tarkoittaa eläimen (ja kasvien) jalostusarvon ennustamista ja valintapäätöksen tekemistä yksilön DNA:n eli SNP- markkeritietojen perusteella. Viime vuosina genomisten jalostusarvojen laskentaan on kehitelty useita malleja. Yksinkertaisessa DNA markkeri eli SNP-BLUP menetelmään perustuvassa mallissa SNP-markkerivaikutuksia käsitellään satunnaisina ja markkerien geneettisen varianssin oletetaan olevan sama kaikille markkereille. Tällöin yksilölle arvioitu genominen jalostusarvo saadaan laskemalla yhteen kaikki sen markkerivaikutukset. Genomisen sukulaisuusmatriisin (G) käyttö jalostusarvosteluissa mahdollistaa genomisen informaation hyödyntämisen perinteisen kaltaisessa jalostusarvostelumallissa, ns. G-BLUP:ssa. Tällöin genotyypitettyjen eläinten väliset sukulaisuudet saadaan tarkemmin kuin tavallisessa sukupuussa: esim. täyssisarten kesken genominen sukulaisuusaste voi vaihdella. Genomiset jalostusarvot SNP-BLUP mallilla ja G-matriisiin perustuvalla G-BLUP mallilla ovat samoja. Genomisten jalostusarvojen arvosteluvarmuutta voidaan parantaa yhdistämällä genominen informaatio perinteiseen jalostusarvoon. Tämä voidaan tehdä joko käsittelemällä genomiset jalostusarvot eri ominaisuuksina tai yhdistämällä genomitiedot suoraan perinteisiin jalostusarvosteluihin. Jälkimmäisessä ns. single-step - menetelmässä (H-BLUP) genotyypitettyjen eläinten sukulaisuudet perustuvat genotyyppi-tietoihin ja muiden eläinten sukulaisuudet sukupuutietoihin. Testasimme eri genomisia malleja pohjoismaisella punaisella rodulla. Tulosten mukaan eri genomiset arvostelumallit antavat vertailukelpoisia tuloksia, joten kulloinkin käytettävä menetelmä voi perustua käytännön seikkoihin. SNP- BLUP ja G-BLUP antoivat samat genomiset jalostusarvot, mutta ne erosivat hieman H-BLUP:n antamista arvoista. Keskimäärin genomisten jalostusarvojen luotettavuus oli 12 prosenttiyksikköä korkeampi kuin perinteisistä jalostusarvoista lasketun polveutumisindeksin. Lisäksi H-BLUP:lla genotyypitettyjen sonnien arvosteluvarmuus oli 2 - 4 prosenttiyksikköä korkeampi kuin muilla genomisilla malleilla.
