Tieteellisissä artikkeleissa käytetään vertaisarviointia (ns. referee-menettelyä), jossa kaksi toimituksen ulkopuolista, tohtoritasoista asiantuntijaa arvioi käsikirjoituksen julkaisukelpoisuutta. Kuntoutus-lehden toimitus päättää käsikirjoituksen soveltuvuudesta vertaisarviointiin. Toimitus lähettää käsikirjoituksen (Word-muodossa) arvioijille nimettömänä. Siksi artikkelikäsikirjoitus tulee lähettää toimitukselle sellaisessa muodossa, etteivät kirjoittajat ole siitä tunnistettavissa (huom. myös tiedostojen metatiedoista tulee poistaa henkilökohtaiset tiedot: esim. kohdasta Tiedosto - Tiedot - Tarkista ongelmien varalta - Tarkasta asiakirja - Asiakirjan ominaisuudet ja henkilökohtaiset tiedot - Tarkasta - Poista kaikki).

Arvioitsijat laativat tieteelliseksi tarkoitetusta käsikirjoituksesta lausunnot, jotka toimitus lähettää kirjoittajille nimettöminä käsikirjoituksen korjaamista varten. Lausunto on vapaamuotoinen, mutta arvioija voi halutessaan pyytää toimitussihteeriltä jäsennysohjeen, jota voi käyttää pohjana. Lausunto pyydetään laatimaan erilliselle liuskalle (Word- tai PDF-muodossa). Lausunnon alkuun kirjoitetaan arvioitavan käsikirjoituksen otsikko ja lausunnon päivämäärä. Kirjoituksen muuttamista koskevat ehdotukset pyydetään kirjaamaan mahdollisuuksien mukaan. Yksityiskohtaiset huomautukset pyydetään tekemään viitaten sivuun ja tekstikohtaan.

Kirjoittajia pyydetään tekemään muutokset käsikirjoitukseen korostuksella niin, että ne ovat helposti nähtävissä (mitä muutettu ja miten), mieluiten yliviivaamalla muutetut tai poistetut kohdat ja kirjoittamalla uudet kohdat erivärisellä fontilla. Jos vaihtoehtoisesti käytetään Wordin muokkaus- tai kommenttitoimintoja käsikirjoituksen korjaamisessa, on huolehdittava siitä, etteivät kirjoittajien nimet tule esiin. Kirjoittajat laativat muutosraportin eli refereille osoitetun anonyymin vastineen, jossa he selostavat kohta kohdalta tekemänsä muutokset tai perustelevat, miksi jotain refereen ehdottamaa muutosta ei ole tehty. Vastine laaditaan mielellään peräkkäin samaan tiedostoon liitettyjen lausuntojen pohjalle kirjoittamalla refereen kunkin ehdotuksen alle suoraan vastaus. Toimitus saattaa korjatun käsikirjoituksen pääsääntöisesti uudelleen arvioitavaksi refereille.

Vertaisarviointi pyydetään yleensä tekemään noin 4 viikon määräajassa ja käsikirjoituksen korjaus 2 kuukaudessa. Korjauskierroksia voi olla useita. Toimitus päättää tieteellisen käsikirjoituksen julkaisemisesta vertaisarviointiprosessin jälkeen.

Korjatun käsikirjoitusversion mukana kirjoittajien tulee lähettää toimitukseen samalla kertaa uudestaan kaikki siihen liittyvät taulukko- ja muut tiedostot. Lopulliseen, hyväksyttyyn käsikirjoitukseen kirjoittajien tulee lisätä mahdollisesti anonymisoinnissa poistetut kirjoittajatiedot. Kirjoittajien tulee huolellisesti viimeistellä teksti taittovalmiiksi Kuntoutus-lehden kirjoittajaohjeen mukaisesti.

Vertaisarviointikäytäntö on anonyymi. Lehti ei maksa arvioitsijoille lausuntopalkkiota.

Kuntoutus-lehti on 20.3.2018 lähtien ottanut käyttöön Tieteellisten seurain valtuuskunnan vertaisarviointitunnuksen ja sitoutunut noudattamaan sen käytölle asetettuja ehtoja (ks. http://www.tsv.fi/tunnus).