Tieteellisissä artikkeleissa käytetään vertaisarviointia (ns. referee-menettelyä), jossa kaksi toimituksen ulkopuolista, tohtoritasoista asiantuntijaa arvioi käsikirjoituksen julkaisukelpoisuutta. Kuntoutus-lehden toimitus päättää käsikirjoituksen soveltuvuudesta vertaisarviointiin. Käsikirjoitus lähetetään arvioijille nimettömänä. Siksi artikkelikäsikirjoitus tulee lähettää toimitukselle sellaisessa muodossa, etteivät kirjoittajat ole siitä tunnistettavissa (huom. myös tiedostojen metatiedoista tulee poistaa henkilökohtaiset tiedot: esim. kohdasta Tiedosto - Tiedot - Tarkista ongelmien varalta - Tarkasta asiakirja - Asiakirjan ominaisuudet ja henkilökohtaiset tiedot - Tarkasta - Poista kaikki).

Arvioitsijat laativat tieteelliseksi tarkoitetusta käsikirjoituksesta lausunnot, jotka lähetetään kirjoittajille käsikirjoituksen korjaamista varten. Lausunto on vapaamuotoinen, mutta arvioija voi halutessaan pyytää toimitussihteeriltä jäsennysohjeen, jota voi käyttää pohjana.

Kirjoittajia pyydetään tekemään muutokset käsikirjoitukseen korostuksella niin, että ne ovat helposti nähtävissä (mitä muutettu ja miten), mieluiten yliviivaamalla muutetut tai poistetut kohdat ja kirjoittamalla uudet kohdat erivärisellä fontilla. Jos vaihtoehtoisesti käytetään Wordin muokkaus- tai kommenttitoimintoja käsikirjoituksen korjaamisessa, on huolehdittava siitä, etteivät kirjoittajien nimet tule esiin. Kirjoittajat laativat muutosraportin eli refereille osoitetun anonyymin vastineen, jossa he selostavat kohta kohdalta tekemänsä muutokset tai perustelevat, miksi jotain refereen ehdottamaa muutosta ei ole tehty. Vastine laaditaan mielellään peräkkäin liitettyjen lausuntojen pohjalle kirjoittamalla refereen kunkin ehdotuksen alle suoraan vastaus. Korjattu käsikirjoitus saatetaan pääsääntöisesti uudelleen arvioitavaksi refereille.

Vertaisarviointikäytäntö on anonyymi. Lehti ei maksa arvioitsijoille lausuntopalkkiota.

Kuntoutus-lehti on 20.3.2018 lähtien ottanut käyttöön Tieteellisten seurain valtuuskunnan vertaisarviointitunnuksen ja sitoutunut noudattamaan sen käytölle asetettuja ehtoja (ks. http://www.tsv.fi/tunnus).